Test dataset
A small breast cancer gene expression dataset provided for testing and tutorial purposes.
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Mutation BRCA1 BRCA1 BRCA1 BRCA1 BRCA1 BRCA1 BRCA2 BRCA2 BRCA2 BRCA2 Sporadic Sporadic Sporadic Sporadic Sporadic Sporadic Sporadic/Meth.BRCA1 BRCA1 BRCA2 BRCA2 BRCA2 BRCA2 HK1A1 0.15 0.22 0.3 0.26 1.22 0.44 0.35 1.1 1.07 1.46 0.36 0.57 0.31 0.48 0.4 0.25 0.44 0.38 0.73 0.63 0.77 0.66 HK1A2 1.54 1.27 0.76 0.85 1.27 0.64 0.9 0.64 0.78 0.55 1.02 0.39 1.39 0.83 1.02 0.61 1.53 0.61 0.71 0.3 0.62 1 HK1A4 1.72 1.57 2.13 1.09 1.98 0.74 1.71 1.16 1.33 1.46 0.83 1.13 1.46 2.24 1.18 1.34 1.14 2.43 1.71 1.26 1.41 3 HK1A5 0.71 1.24 1.69 2.23 1.16 0.82 1.44 2.03 3.6 1.2 1.72 1.75 0.93 1.09 0.67 1.23 1.06 2.08 3.24 2.41 1.56 2.56 HK1A6 0.94 1.53 1.87 1.19 1.16 1.54 1.05 0.91 0.85 1.22 1.29 0.74 0.87 1.05 0.62 1.34 1.08 1.01 3.25 2.2 1.09 1.29 HK1A7 0.8 0.95 1.53 1.37 1.02 1.22 0.78 0.96 0.65 1.02 1.22 0.74 0.84 0.56 0.93 0.94 0.84 1.09 0.66 1.4 1.32 1.13 HK1A8 0.78 0.81 1.42 0.97 1.04 1.12 1.04 0.97 0.88 1.11 1.32 0.64 0.67 0.77 1.24 1.36 0.91 0.56 1.57 0.47 0.97 1.36 HK1A9 0.27 0.35 0.87 0.88 0.51 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0.97 1 1.05 0.97 1.2 0.5 0.69 HV23D6 1.39 1.86 0.58 0.9 2.94 1.57 1.04 1.19 1.17 1.69 0.88 0.83 1.13 2.06 1.3 0.89 1.66 1.27 1.59 0.66 1.42 1.49 HV23D7 0.66 1.85 1.96 1.44 1.73 1.07 1.53 2.86 1.13 1.7 2.35 1.33 0.89 0.68 1.66 1.93 2.45 1.47 1.89 1.61 3.27 1.5 HV23D9 0.65 1.57 0.49 0.64 1.77 1.06 1.26 1.21 2.39 1.25 2.02 1.2 0.94 1.17 0.66 0.82 1.84 0.94 1.05 1.05 1.43 1.07 HV23D10 1.45 1.27 1.4 0.84 1.65 1.28 0.96 1.12 1.27 0.77 0.92 0.75 1.21 1.55 1.11 1.09 1.39 0.83 1.19 0.9 1.34 1.52 HV23D11 0.87 1.25 1.24 1.53 1.32 1.75 0.7 0.71 0.61 1.64 2.27 0.46 0.65 0.5 1.55 1.97 0.91 0.73 1.69 2.73 2.54 1.04 HV23E2 0.94 0.9 0.32 1.46 2.17 0.47 3.49 5.63 5.3 1.52 1.49 1.12 0.9 2.44 0.63 1.76 1.48 0.98 0.67 0.14 0.4 2.64 HV23E3 1.29 1.47 0.87 0.9 1.44 1.01 1.02 0.64 0.68 0.62 1.76 0.91 1.13 1.64 0.91 0.76 0.91 0.98 1.44 2.15 1.3 1.45 HV23E4 1.27 0.85 0.76 0.84 1.52 0.72 1.34 0.57 1.73 1.11 0.86 0.97 0.76 0.99 0.94 1.54 1.7 1.47 1.06 0.75 0.57 1.46 HV23E5 1.08 1.39 4.25 1.63 2.24 0.77 1.74 1.85 2.11 1.47 1.67 1.07 0.9 1.73 1.52 1.69 0.81 2.65 1.83 1.02 2.19 1.62 HV23E6 1.44 1.47 0.82 1.13 1.56 0.78 1.9 1.08 1.37 1.17 0.87 1.94 1.32 2.18 0.99 1.1 0.91 0.31 2.4 1.36 1.2 1.21 HV23E7 2.93 1.66 7.2 4.82 6.91 2.34 2.77 5.19 2.14 2.23 3.63 2.62 4.69 4.35 1.65 3.18 0.9 1.11 5.35 4.18 2.77 6.5 HV23E8 2.31 1.37 1.01 1.24 1.69 1.42 1.83 1.14 1.35 1.39 1.19 1.55 1.28 1.75 2.67 1.85 1.31 1.06 1.53 2.48 1.91 2.5 HV23E9 1.27 1.73 0.97 0.96 1.52 0.68 0.72 0.95 0.73 0.76 0.95 0.56 0.98 1.31 0.61 0.62 0.8 0.96 0.59 0.62 0.43 0.94 HV23E11 1.39 1.26 0.98 1.32 1.24 1.38 1.12 1.29 1.51 0.99 1.09 0.74 1.11 1.29 1.07 1.43 0.81 1 0.83 1 1.04 1.9 HV23F2 1.61 1.86 0.63 1.33 1.89 1.37 1.18 1.15 0.71 2.24 1.62 1.16 1.03 1.92 0.75 1.59 1.82 2.37 1.6 1.73 1.7 2.05 HV23F3 0.59 0.76 0.59 1.24 1.08 0.65 0.5 0.6 0.82 0.76 1.51 0.78 1.09 0.82 0.61 0.76 0.91 0.52 1.49 0.29 1 0.62 HV23F4 2.48 1.97 1.09 1.4 1.89 1.78 1.73 1.38 2.34 2.16 1.19 1.81 1.97 2.18 2.09 2.08 1.28 1.55 1.57 1.78 2.52 2.13 HV23F5 0.59 1.42 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HV31C12 0.89 1.03 0.57 0.96 1.13 0.87 1.38 0.98 1.12 0.99 0.85 0.78 0.86 1.37 0.83 1.93 0.83 1.39 0.85 0.46 0.64 1.06 HV31D1 1.26 1.56 0.86 2.33 1.24 1.36 0.93 0.96 0.73 0.9 0.88 1.01 1.02 0.65 1.43 1.25 1.49 0.68 1.36 1.05 1.47 1.02 HV31D2 1.61 2.51 1.47 2.08 1.85 2.01 1.92 3.32 1.97 1.54 0.86 2.05 2.11 1.42 1.54 1.57 0.91 0.81 2.97 1.88 1.53 2.31 HV31D4 2.68 1.82 1.26 1.28 1.68 1.2 1.37 1.09 1.25 0.94 1.5 1.35 1.72 1.62 1.44 1.34 1.67 1.91 1.4 1.41 0.89 1.13 HV31D5 1.55 3.9 1.63 0.59 2.19 1.33 4.19 0.97 5.41 2.96 4.74 1.21 1.41 1.69 0.64 1.3 2.07 1.4 3.97 2.19 1.29 1.3 HV31D6 0.32 0.55 1.85 0.63 0.69 0.21 0.45 0.89 0.45 0.31 0.38 0.25 0.77 0.68 0.86 0.5 0.18 0.38 0.36 0.12 0.28 0.33 HV31D7 1.04 2.17 2.04 1.43 2.04 1.08 1.24 2.9 2.24 1.33 1.43 1.01 0.71 1.02 1.12 1.1 1.73 2.24 1.17 0.54 0.81 0.89 HV31D8 2.37 2.07 1.47 1.67 2.87 1.07 1.95 2.24 3.13 1.18 0.92 1.96 1.13 1.71 1.53 1.87 1.16 1.49 1.36 0.64 1.09 1.43 HV31D9 0.7 1.17 0.9 1.21 2.1 0.66 0.34 0.71 1.12 0.66 0.82 0.49 0.9 0.52 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0.65 0.95 0.49 1.36 0.56 0.67 0.85 0.86 0.43 0.25 0.91 0.64 0.86 0.59 0.58 HV32B8 1.27 0.88 0.36 0.79 0.81 1.21 0.87 0.81 1.13 0.98 1.09 0.7 1.12 0.95 0.57 0.79 0.46 0.89 1.06 1.05 0.67 0.77 HV32B9 1.05 1.66 1.63 1.5 1.3 1.17 0.9 0.97 0.87 0.85 1.98 0.89 1.06 0.7 1.05 0.75 1 1.6 0.87 1.05 1.1 1.15 HV32B11 1.1 1.42 1.13 1.54 1.55 0.95 1.26 1.6 1.83 1.42 3.45 1.48 1.57 2.58 1.26 0.84 1.3 1.25 3.96 2.07 2.45 3.71 HV32B12 1.62 2.24 0.68 1.44 2.86 0.85 1.12 1.33 1.53 1.87 1.13 1.29 1.85 2.07 0.55 1.44 1.75 1.65 1.46 0.79 0.94 0.93 HV32C1 0.79 0.84 0.87 0.95 0.86 0.95 0.44 1.21 2.32 1.06 0.82 1.4 0.88 0.91 0.91 0.54 0.88 0.79 1.6 1.72 1.59 1.81 HV32C2 2.28 6.83 0.87 1.6 1.98 1.09 1.52 0.86 1.17 2.57 1.13 1.24 1.73 2 1.15 1.55 1.79 2.3 1.28 0.73 0.62 1.2 HV32C3 1.18 1.11 0.75 1.17 0.82 0.94 1.15 1.42 2.2 1 1.21 1.21 0.77 1.81 1.57 1.07 0.94 0.99 1.36 1.77 1.11 1.89 HV32C5 0.82 1.12 0.97 1.06 1.15 1.06 0.59 1.02 1.48 1.52 0.86 0.97 0.98 0.73 1.07 0.68 0.51 1.14 1.67 1.8 1.18 1.74 HV32C6 1.15 1.43 0.71 2.43 1.03 1.42 1.07 1.19 1.17 1.05 0.88 0.9 0.96 1.17 0.94 1.18 1.19 1.1 1.07 0.6 0.81 1 HV32C7 2.15 4.09 2.13 1.6 2.52 2.03 1.37 0.81 1.73 1.95 0.73 0.66 1.36 1 1.62 0.78 0.91 2.88 1.03 1 0.82 1.37 HV32C9 1.71 2.23 1.54 1.26 1.21 1.39 1.16 0.88 1.83 2.18 0.65 0.81 1.37 2.99 1.05 0.4 0.55 1.9 1.42 0.74 0.59 1.04 HV32C10 0.81 0.54 0.96 0.68 0.83 0.46 0.72 1.18 0.69 0.57 0.54 0.71 0.74 1.27 0.73 1.34 0.55 0.41 0.61 0.38 0.43 0.73 HV32C11 0.61 0.44 0.93 0.56 0.75 0.58 0.42 1.09 0.68 0.7 0.56 0.59 0.65 0.94 0.67 0.72 0.28 0.42 0.36 0.36 0.46 0.74 HV32D3 2.1 1.76 13.92 1.68 1.44 2.28 2.81 13.64 0.95 1.29 1.06 4.29 5.03 6.08 1.94 0.84 1.86 4.93 3.29 0.84 1.39 2.15 HV32D8 0.66 1.56 1.23 1.24 1.12 0.87 1.09 0.71 1.12 0.93 0.72 0.57 0.56 0.94 0.6 0.84 1.66 1.05 0.88 0.51 0.7 0.61 HV32D9 3.14 2.86 3.2 2.26 2.43 1.56 2.06 3.01 3.66 1.47 2.07 3.84 2.45 3.08 1.88 1.9 2.03 2.11 2.56 0.84 1.05 1.78 HV32D10 1.45 1.87 1.28 2.46 3.8 0.89 1.04 1.35 1.64 0.91 1.06 0.59 0.38 0.47 0.56 1.28 3.12 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May 21, 2010